Die Arbeit von PRO INDIGENA basiert auf der Überzeugung, dass wirksame und nachhaltige Entwicklung von den Betroffenen selber ausgehen muss. Sie sind die Initianten und Autoren ihrer eigenen Projekte. Weitgehend aus eigener Kraft und mit geringer finanzieller Unterstützung von aussen können sie ihre Lebensgrundlagen selber verbessern (ownership). Zudem werden sich die Menschen ihrer eigenen Kräfte und Fähigkeiten bewusst dank der Tatsache, dass ihr Projekt von A bis Z in ihrer Verantwortung liegt: Sie planen, organisieren, arbeiten, verwalten die Mittel und besprechen immer wieder neu das weitere Vorgehen gemeinsam. Von PRO INDIGENA erhalten sie Beratung, Begleitung und finanzielle Unterstützung zur Umsetzung ihrer Projekte. Das wachsende Selbstvertrauen über das Machbare aus eigener Kraft ist die Voraussetzung dafür, dass die Menschen ihre Entwicklung in die eigenen Hände nehmen (empowerment).
Gleichzeitig will PRO INDIGENA die begrenzten Mittel vernünftig und verantwortungsbewusst einsetzen. So wird jedes Projekt sorgfältig geprüft, ob die Investitionen sinnvoll sind, welchen Beitrag sie zu den gesetzten Zielen leisten und ob die geplanten Aktivitäten realistisch und machbar sind.

In den Fünfzigerjahren entstanden unter der Initiative des deutschen Arztes Dr. Theodor Binder verschiedene Freundeskreise in Deutschland, USA, Schweiz, Holland, Schweden und Kanada. Diese gründeten zur Direkthilfe für bedrohte Indianer im Jahre 1956 das Hospital Amazónico «Albert Schweitzer» in Pucallpa, Peru. 1972 gründeten die Ärzte Elmar und Vreni Heimgartner zwei Gesundheitszentren an Nebenflüssen des Rio Ucayali in der Selva Peruana. Diese flussärztliche Tätigkeit in Peru und ab 1974 auch das Hospital Mazahua "Albert Schweitzer" in Sta. Ana Nichi auf 3000 m Höhe in México wurden vom deutschen Freundeskreis und der Schweizer Indianerhilfe finanziell getragen. In Deutschland setzte sich Dr. Ernst Eibach während 35 Jahren als Präsident des Deutschen Freundeskreises voll für das Werk zur Unterstützung der Indigenas ein. Für die Schweizer Indianerhilfe waren Marguerite und Walter Nadolny seit Anfang des Hospital Amazónico (1956) mit vollem Einsatz von Basel aus tätig. Ab 1974 übernahm der Sohn, Manfred Nadolny, das Amt des Präsidenten von seinem Vater. Mit viel Herzblut und einem enormen Engagement versah er diese Tätigkeit bis 1996, als das Hospital Mazahua einer mexikanischen Organisation übergeben werden konnte. Ab 1996 begann die Schweizer Indianerhilfe unabhängig vom deutschen Freundeskreis zu arbeiten und unterstützte den Aufbau verschiedener Basisgesundheitsprojekte in Mexiko. 1998 erhielt die Schweizer Indianerhilfe für die Stärkung der kulturellen Identität lokaler Ethnien eine Auszeichnung der UNESCO. An der Generalversammlung 2011 wurde eine Namensänderung beschlossen. Der ehemalige Verein Schweizer Indianerhilfe heisst seit Januar 2012 neu PRO INDÍGENA.