Die Arbeit von PRO INDIGENA basiert auf der Überzeugung, dass wirksame und nachhaltige Entwicklung von den Betroffenen selber ausgehen muss. Sie sind die Initianten und Autoren ihrer eigenen Projekte. Weitgehend aus eigener Kraft und mit geringer finanzieller Unterstützung von aussen können sie ihre Lebensgrundlagen selber verbessern (ownership). Zudem werden sich die Menschen ihrer eigenen Kräfte und Fähigkeiten bewusst dank der Tatsache, dass ihr Projekt von A bis Z in ihrer Verantwortung liegt: Sie planen, organisieren, arbeiten, verwalten die Mittel und besprechen immer wieder neu das weitere Vorgehen gemeinsam. Von PRO INDIGENA erhalten sie Beratung, Begleitung und finanzielle Unterstützung zur Umsetzung ihrer Projekte. Das wachsende Selbstvertrauen über das Machbare aus eigener Kraft ist die Voraussetzung dafür, dass die Menschen ihre Entwicklung in die eigenen Hände nehmen (empowerment).
Gleichzeitig will PRO INDIGENA die begrenzten Mittel vernünftig und verantwortungsbewusst einsetzen. So wird jedes Projekt sorgfältig geprüft, ob die Investitionen sinnvoll sind, welchen Beitrag sie zu den gesetzten Zielen leisten und ob die geplanten Aktivitäten realistisch und machbar sind.